Los derechos humanos y la defensa de las comunidades indígenas, que muchas veces le significaron la cárcel y el exilio, son dos constantes en la vida y obra de Osvaldo Bayer, quien hasta sus últimos días luchó por causas justas a favor de los más excluidos.
Como historiador, Bayer desarrolló una revisión histórica que ponderó las luchas obreras y visibilizó la represión de los trabajadores, así como también hechos invisibilizados como la matanza de peones en la Patagonia Trágica.
Por su pensamiento -crítico, anarquista, rebelde y libertario-, Bayer debió exiliarse en 1975 durante la Triple A en Alemania, donde vivió y crió a sus hijos hasta el regreso de la Democracia y donde pasó, ya instalado en el país, al menos seis meses al año.
Mientras la Argentina estaba bajo el régimen de la última dictadura cívico militar, Bayer recibió en Alemania a las Madres de Plaza de Mayo, quienes denunciaron los horrores perpetrados por la dictadura y la desaparición de sus hijos.
Ese vínculo que el escritor estableció con las Madres quedó reflejado en su libro “Ventana a Plaza de Mayo”, una compilación de las crónicas que escribió en el periódico de las Madres desde 1984 hasta 2006. 
“Las Ventanas son para mí el testimonio de mi gratitud y admiración para las luchas de las Madres. Nunca, en mi vida, había comprobado un heroísmo tal y sus consecuencias ante el valor de la Vida”, escribió.
El libro “Exilio” (1984) realizado junto a su amigo Juan Gelman también reflejó ese duro período de sus vidas. Allí, Bayer reflexiona a partir de la lectura de diarios argentinos y alemanes. Deja testimonio de que en una nota de la Deutsche Presse Agentur (DPA), el embajador de la República Federal de Alemania en la Argentina, Joachim Jaenicke, niega que el gobierno del general Videla sea una dictadura militar. 
De la misma manera, se lamenta por la quema de libros, un hecho que para el escritor se igualaba al abuso infantil, ya que “ni los niños ni los libros podían defenderse de sus agresores”, decía. 
La última dictadura militar fue para Bayer “una de las más feroces” porque además del exilio debió soportar la pérdida de su amigo Rodolfo Walsh. 
La defensa de los derechos de los pueblos originarios también fue una consigna que enarboló Bayer, que en 2008 escribió el guión y libro del film Awka Liwen junto a los directores Mariano Aiello y Kristina Hille. El largometraje, que se estrenó en 2010, es la historia de la pugna por la distribución de la riqueza en Argentina, a partir del despojo de las tierras y el ganado cimarrón a los pueblos originarios y al gaucho.
La película fue declarada de Interés nacional por la Presidencia de la Nación.
Ese interés por la realidad de los pueblos originarios surgió en su niñez, según había manifestado. “Vivía en Tucumán y ahí tuve contacto con ellos y siempre me interesó su vida. Realmente la política absolutamente errada y criminal de los gobiernos argentinos desde Avellaneda, Roca, etcétera, que llevó a la eliminación de parte de la población indígena y al restablecimiento de la esclavitud en Argentina, fueron cosas que han sido denunciadas por mí, en mi último libro Historia de la crueldad argentina”.