Miguel Amaya comenzó a dirigir en 2005 en Chaco. Consiguió dos ascensos al Argentino A: con Sarmiento de Resistencia y Central Norte de Salta.
Aparte de estos clubes, pasó por Sportivo Patria, Sol de América y Famaillá de Tucumán, además de estar en Patronato de Paraná, San Martín de Tucumán y San Martín de Formosa, también del Argentino B.