El único campeonato que posee en Primera A el Deportivo La Merced fue logrado en 2006 de la mano de Daniel “Ñato” Narváez. Ese equipo, que jugaba muy bien desde los pies de Cristóbal Tadeo Roldán y la efectividad de  Julio Diego Savio, sus figuras más salientes, les ganó el Torneo Anual “Oscar Bustamante” a San Martín de El Bañado y al Ateneo Mariano Moreno, que también fue protagonista. 
En el Petit Torneo las finales fueron con Obreros de San Isidro, 2 a 0 a favor la ida y el mismo resultado en la vuelta, pero para el “Cuervo”. La particularidad fue que Horacio Elizondo dirigió esa revancha en el mismo año en el que arbitró la final del Mundial que Italia le ganó a Francia. 
En la plantilla del “Depo” estaban Rubén Córdoba, Darío Ferreyra, Rigoberto Villafáñez, Daniel Barros, Ariel Heredia, Fabricio Zuccón, Favio Agüero, Franco Noriega, Fernando Noriega, Cristian Noriega, Gonzalo Savio, Javier Chazampi, Tadeo Roldán, Diego Savio, Marcelo Mendoza, Nelson Chazarreta, Julián Plaza, Fernando Aredez, Pablo Savio, Juan Carlos Jalil Barrionuevo. El presidente en ese entonces era Teobaldo Savio y el equipo jugaba de local en su cancha, dato no menor teniendo en cuenta todos los puntos que sacó en esta campaña.