El pacto celebrado en San José de Flores en noviembre de 1859 dispuso la incorporación de Buenos Aires a la Confederación Argentina, lo cual se verificaría por la aceptación y jura solemne de la Constitución Nacional. 

No obstante, Buenos Aires quedaba autorizada a convocar una asamblea provincial que examinaría la Constitución de 1853 vigente en las demás provincias. 

En el caso de que Buenos Aires decidiese introducir enmiendas a dicha Carta Magna, se convocaría a la reunión de una Convención nacional reformadora ad hoc.

Desde fines de 1852, la Argentina estuvo dividida en dos estados separados, sin más relación que la diplomacia y el comercio: la Confederación Argentina, formada por las trece provincias del interior, y el Estado de Buenos Aires, formado por la actual provincia de Buenos Aires. 

La división se había originado por la negativa de Buenos Aires a refrendar el Acuerdo de San Nicolás y a participar en la sanción de la Constitución Argentina de 1853.

La división puso en serios aprietos a la Confederación, más que a Buenos Aires, ya que la principal fuente de impuestos, la Aduana de Buenos Aires, permaneció controlada por el gobierno porteño. 

Por otro lado, si bien nominalmente los países europeos y americanos reconocían solamente a la Confederación, sus diplomáticos preferían residir en Buenos Aires, ciudad mucho más grande y cómoda que la entonces pequeña capital de la Confederación, Paraná.

Como consecuencia de lo pactado en San José de Flores, el gobierno de Buenos Aires solicitó al de Paraná la derogación de los derechos diferenciales al comercio, debido a que eran incompatibles con la nueva situación provincial asumida por Buenos Aires. El gobierno de la Confederación así lo dispuso por decreto del 24 de diciembre de 1859. 

En cambio, las autoridades porteñas se negaron a ceder su aduana al gobierno confederado.
Pasaron 160 años desde la firma del pacto. Los conflictos no cambiaron demasiado.