El ejército español se presentó con cerca de 3.000 soldados, comandados por Pío Tristán. Como respuesta, el 29 de julio Belgrano dictó un bando que disponía la retirada:
La orden especificaba que la retirada debía dejar sólo campo raso frente al enemigo, de modo de no facilitarle casa, alimento, ganado, mercancías ni cosa alguna que le fuera utilizable. Los cultivos fueron cosechados o quemados, las casas destruidas, y los productos comerciales enviados a Tucumán. El rigor de la medida debió respaldarse con la amenaza de fusilar a quienes no cumplieran la orden. La población acató sin mayores actos la medida a partir de los primeros días de agosto.
El ejército finalmente comenzó también su retirada el 23 de agosto en horas de la tarde; se arreó el ganado y se prendió fuego a las cosechas para desguarnecer al enemigo. Belgrano fue el último en dejar la ciudad deshabitada.
El éxodo jujeño es recordado con gran estima por los habitantes de Jujuy, que cada 23 de agosto conmemoran el mismo. Se considera que la acción de los jujeños de 1812 constituyó un gran acto de heroísmo colectivo que permitió las derrotas posteriores de los españoles. En el año 2012 se celebrará el bicentenario del éxodo. El Octubre 28 de 2002 es promulgada Ley 25.664 originada en un proyecto presentado en el Senado argentino por la cual se declara el día 23 de agosto de cada año, y en conmemoración de la Gesta del" EXODO JUJEÑO", a la provincia de Jujuy como Capital Honorífica de la Nación Argentina.

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