Enseñó Historia del Cine y Crítica y Estética Cinematográfica en la Universidad Nacional del Litoral, en Santa Fe (capital de la provincia homónima). Es considerado no sólo uno de los escritores argentinos más importantes, sino uno de los ensayistas y novelistas mas influyentes del siglo XX.

Ignorado durante gran parte de su vida creadora, con un programa narrativo riguroso y solitario que lo hizo escribir de espaldas a fenómenos editoriales como el boom latinoamericano (al que desdeñó), la obra de Saer ha obtenido, a partir de los años ochenta sobre todo, el reconocimiento de la crítica especializada, tanto en Argentina como en Europa.

Aunque incursionó en la poesía (su único libro de poemas abarca la totalidad de su producción), fue sin lugar a dudas la narración (y, sobre todo, la novela) su gran aporte. También practicó la escritura ensayística, con bastante buena fortuna, aunque sus ensayos, polémicos, inteligentes e incisivos, sirven sobre todo para comprenderlo en tanto narrador.

Su obra abarca doce novelas, cinco libros de cuentos, cuatro de ensayos y uno de poemas. La publicación de sus cuentos completos permitió incluir un sexto libro de relatos, armado para la ocasión con tres textos que habían aparecido en revistas o diarios y uno inédito. Su última novela, que dejó inconclusa, y su último libro de ensayos (en realidad, artículos sobre literatura escritos para diarios), fueron publicados póstumamente.

Su obra es en calidad bastante pareja, aunque la crítica señala una maduración progresiva, que se justifica en parte por algunos defectos en sus primeros textos, pero que también parece cuestionable si pensamos que su momento más radical, que le dio obras extraordinarias (El limonero real, Nadie nada nunca, el relato La mayor), se halla en el centro de su trayectoria, entre 1974 y 1980.
Casi toda su narrativa tiene por escenario la ciudad de Santa Fe y sus alrededores, en donde vivió hasta su voluntario exilio. De esta manera, esta genial obra le ha dado a la pequeña capital de provincia argentina el mismo estatuto mítico que Joyce le dio a Dublín o Proust a París. El hecho de que su obra incluya una larga serie de novelas y cuentos independientes pero relacionados sobre un espacio geográfico limitado revela la influencia de William Faulkner y su ciclo de narraciones sobre el condado de Yoknapatawpha en el norte del estado de Mississippi.

La otra unidad de la obra la dan los personajes, que se repiten en un elenco bastante estable, con reenvíos permanentes de una narración a otra.

Su vasta obra narrativa, considerada una de las máximas expresiones de la literatura argentina contemporánea, abarca cuatro libros de cuentos –En la zona (1960), Palo y hueso (1965), Unidad de lugar (1967), La mayor (1976)– y diez novelas: Responso (1964), La vuelta completa (1966), Cicatrices (1969), El limonero real (1974), Nadie nada nunca (1980), El entenado (1983), Glosa (1985), La ocasión (1986, Premio Nadal), Lo imborrable (1992) y La pesquisa (1994). En 1983 publicó Narraciones, antología en dos volúmenes de sus relatos. En 1986 apareció Juan José Saer por Juan José Saer, selección de textos seguida de un estudio de María Teresa Gramuglio, y en 1988, Para una literatura sin atributos, conjunto de artículos y conferencias publicada en Francia. En 1991 publicó el ensayo El río sin orillas, con gran repercusión en la crítica, y en 1997, El concepto de ficción. Su producción poética está recogida en El arte de narrar (1977), paradójico título que expresa, quizás, el intento constante de Saer por –según sus propias palabras– "combinar poesía y narración". Ha sido traducido al francés, inglés, alemán, italiano y portugués.