Los primeros registros de la fuente prismática datan de los primeros exploradores europeos. En 1839, un grupo de cazadores de pieles de la American Fur Company cruzaron la cuenca de Midway Geyser y registraron un "lago hirviente", muy probablemente refiriendose la Gran Fuente Prismática, con un diámetro de 90 metros. En 1870, la Expedición Washburn-Langford-Doane visitó las aguas termales, y señaló un géiser cercano de 15 metros (más tarde llamado Excelsior).
Los colores vivos en la fuente prismática son el resultado de bacterias pigmentadas en las biopelículas que crecen alrededor de los bordes de las aguas ricas en minerales. La bacteria produce colores que van del verde al rojo, la cantidad de color en los tapetes microbianos depende de la relación de clorofila a los carotenoides y de la temperatura del agua que favorezca una bacteria u otra. En el verano, los bordes tienden a ser de color naranja y rojo, mientras que en el invierno los tapetes son generalmente de color verde oscuro. El centro de la fuente es estéril debido a calor extremo. El color azul profundo del agua en el centro de la fuente es resultado del color intrínseco azul del agua, consecuencia de la absorción selectiva del agua de longitudes de onda de luz roja visible. Aunque este efecto es responsable de hacer todos los grandes cuerpos de agua azul, este es particularmente intenso en la Gran Fuente Prismática debido a la alta pureza y la profundidad del agua en el medio de la fuente.

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