Esta etapa, a la que suele referirse simplemente como "el Proceso", es considerada una de las más sangrientas de la historia argentina. Se caracterizó por el terrorismo de estado, la constante violación de los derechos humanos, la desaparición y muerte de miles de personas, el robo sistemático de recién nacidos y otros crímenes de lesa humanidad. Un largo derrotero judicial y político ha permitido condenar a parte de los responsables en juicios que aún continúan su curso.

Los golpistas tomaron al poder en un contexto de violencia creciente, caracterizado por acciones de terrorismo de Estado llevadas adelante por las Fuerzas Armadas y el grupo parapolicial Triple A y la actuación de organizaciones guerrilleras como Montoneros (de tendencia peronista) y el ERP (de orientación marxista). La violencia política, que se venía incrementado significativamente desde fines de los años sesenta, fue la principal justificación utilizada por los golpistas para derrocar al gobierno constitucional, aunque la mayoría de los analistas coinciden en que dicha justificación encubría la voluntad de imponer en el país un régimen económico neoliberal, a tono con los requerimientos y exigencias que planteaban en esos momentos el Fondo Monetario Internacional y los Estados Unidos a los países latinoamericanos.
La Junta Militar llevó a cabo una acción represiva en la línea del terrorismo de Estado conocida mundialmente como la Guerra Sucia, coordinada con otras dictaduras instaladas en los países sudamericanos mediante el Plan Cóndor, que contó con el apoyo de los principales medios de comunicación privados e influyentes grupos de poder civil, la protección inicial del gobierno de los Estados Unidos y la pasividad de la comunidad internacional.2
El gobierno secuestró, torturó y ejecutó clandestinamente a miles de personas, que luego serían denominados «los desaparecidos», sospechadas de ser guerrilleros o activistas civiles sin relación con las organizaciones armadas en centros clandestinos de detención establecidos al efecto. Gran cantidad de ellos fueron ejecutados y enterrados en fosas comunes o arrojados al mar desde aviones militares.

La política económica del Proceso de Reorganización Nacional quedó a cargo de los sectores civiles que promovieron el golpe de estado. Bajo el liderazgo del empresario y estanciero José Alfredo Martínez de Hoz, se puso en práctica una serie de reformas económicas radicales, siguiendo las nuevas doctrinas neoliberales de la Escuela de Chicago, que tendieron a desmontar el Estado de Bienestar, desindustrializar y concentrar la economía argentina y a fomentar el sector financiero y la concentración de tierras en manos de los grandes estancieros.3 Socialmente, el Proceso se caracterizó por aumentar notablemente la pobreza, que alcanzó a un tercio de la población, cuando en la décadas anteriores la misma no había superado el 10%.

Estas juntas nominaron como presidentes de facto a Jorge Rafael Videla, Roberto Eduardo Viola, Leopoldo Fortunato Galtieri y Reynaldo Benito Bignone, todos ellos pertenecientes al Ejército.
El gobierno dictatorial desplazó a los integrantes de la Corte Suprema de Justicia y los reemplazaron por los abogados Adolfo Gabrielli, Horacio Heredia, Abelardo Rossi, Alejandro Caride y Federico Videla Escalada.
En 1982 el gobierno militar emprendió la Guerra de Malvinas contra el Reino Unido. La derrota infligida provocó la caída de la tercera junta militar y meses más tarde la cuarta junta llamó a elecciones para el 30 de octubre de 1983, en las que triunfó el candidato de la Unión Cívica Radical, Raúl Alfonsín. Primer día del Juicio a las Juntas (22 de abril de 1985).
El presidente Alfonsín creó la Comisión Nacional sobre la Desaparición de Personas para investigar las violaciones de derechos humanos ocurridas entre 1976 y 1983 y luego promovió el juzgamiento de los miembros de las tres primeras juntas por los delitos cometidos durante su gobierno, como resultado del cual cinco de sus integrantes fueron condenados y cuatro absueltos. Al mismo tiempo otros responsables fueron enjuiciados en diversos procesos. En 1986 y 1987, a iniciativa del presidente Alfonsín, se dictaron las leyes de Punto Final y Obediencia Debida dando fin a los juicios por crímenes de lesa humanidad.
En 1989 y 1990 el presidente Carlos Menem dictó una serie de indultos que beneficiaron a los funcionarios del Proceso y a los jefes guerrilleros que continuaban judicialmente comprometidos. La situación de impunidad en Argentina determinó que los familiares de los desaparecidos buscaran apoyo en el exterior, por lo que desde 1986 se iniciaron procesos penales contra miembros de la dictadura militar en España, Italia, Alemania, Francia, por desaparecidos de esos países. En 2004 el Tribunal de la ciudad de Núremberg, Alemania emitió órdenes de captura y extradición contra Jorge Rafael Videla y Emilio Massera.
En 2003, tras iniciativas del Presidente Néstor Kirchner, las leyes de Punto Final y Obediencia Debida fueron derogadas por el Congreso de la República Argentina y los juicios se reabrieron, en tanto que la justicia comenzó a declarar inconstitucionales los indultos por crímenes de lesa humanidad que habían cometido los militares durante la última dictadura. En 2006 se habían reabierto 959 causas penales en las que 211 acusados se encontraban con prisión preventiva.